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薄层层析硅胶板色谱柱是高效液相色谱仪最主要的部件,柱效的好坏直接影响目标化合物的分析和检测。但在高效液相色谱分析中,容易发生柱堵塞引起系统压力过高、柱效低引起峰拖尾和变宽、柱污染和损坏导致鬼峰等问题,出现这些问题的内在原因有硅羟基的死吸附、重金属的存在、碳流失、缓冲液中盐的析出和色谱柱变干等。
由于薄层层析硅胶板色谱柱的基材硅胶粒子表面存在硅胶羟基,样品组分既在流动相与固定相之间进行分配,又在流动相与硅羟基之间进行分配,即存在双分配效应。样品组分被硅羟基吸附称为死吸附或非特异性吸附。当硅羟基对样品组分的吸附趋近于饱和时,柱效下降,会导致峰拖尾和变宽。
薄层层析硅胶板色谱柱的基材硅胶粒子无论纯度多高,无论怎样处理,都会有重金属以金属氧化物的形式残存在硅胶粒子表面。这些金属氧化物很容易与其它化合物形成螯合物,使其被氧化,产生不对称峰或拖尾峰。固定相长期使用后,会有部分碳链被流动相洗脱下来,随流动相一起流出色谱柱,造成碳流失。
薄层层析硅胶板色谱分析时,有时流动相中会含有缓冲盐溶液。分析结束后,如果没先用含一定配比的水相流动相冲洗,而直接用纯有机相冲洗,瞬间柱子的微环境中有机相高,水相低。这时,流动相中的缓冲盐溶液极易析出盐,将柱子堵塞,使柱压升高,柱效下降。如果色谱柱保存不当,使色谱柱中的保存液全部挥发掉,柱子内部变干,会损伤色谱柱,影响分离效果。